康熙二十二年（公元1683 年）六月，平定台湾的康熙皇帝颁布了《分别住行货税》，决定“设立金丝行、洋货行两项货店”，金丝行负责向本地商贩“赴税课司纳税”，而洋货行“其外洋贩来货物及出海贸易货物分为行税”，可以说洋货行就是十三行的雏形。经过发展，洋货行以办事效率高、应变能力强和诚实守信博得了外商的信赖。
乾隆二十二年（公元1757年），乾隆皇帝下旨，仅保留广州作为对外贸易港口，广东十三行成为当时唯一能够进行外贸的组织。十三行并不是指特定的十三家商行，数量偶有增减。十三行成立之初，商行多达26家，乾隆四十六年（公元1781年），商行减至4家，一般商行数量保持在十家左右。十三行中，以“同文”、“广利”、“怡和”为魁，其中“同文行”和“怡和行”财雄势大，人脉广泛，先后成为十三行的首领。
十三行不仅从事海上对外贸易，还享有垄断经营的特权。康熙年间，朝廷相继组建了粤（广州）、闽（福州）、浙（宁波）、江（上海）等四大海关，其中“惟广东粤海专设监督，诚重其任也”，可见朝廷对粤海关的重视。更表明了朝廷对广东对外贸易的关注和期待。
凡是外商购买茶叶、丝绸等国货或者销售外国商品，均需经过十三行。乾隆年间，广州绣坊有50多家，从业人员多达3000多人。1772年，销往欧洲的广绣披肩有8万条。四年后，仅英国一家公司采购的披肩就超过了10.4万条。在十三行的运作下，中国的农业经济达到了巅峰，广州变成了清朝对外贸易的中心。时人用“洋船争出是官商,十字门开向二洋。五丝八丝广缎好, 银钱堆满十三行”来描述十三行的富有。
十三行给广州带来的变化是显而易见的。1754年，到港海外商船27艘，税银仅52万两，1790年，海外商船增至83艘，税银达110万两，鸦片战争前，每年有超过200艘海外商船到达广州，税银突破180万两。此后的一个世纪中，十三行缴纳的税款占清朝税收总额的40%。凭借十三行的奥力给，广州在1850年在世界城市经济十强中，排名第四，即便是1875年仍位列第七。朝廷给予的外贸特权，为十三行持续发展注入了活力。